Prva sezona se sastoji od 22 epizode. Počinje ubistvom Terensa Stedmana, brata potpredsednice SAD, za čiju je smrt osumnjičen Linkoln Barouz. Zbog snažnih dokaza koji mu ne idu u prilog, Linkoln je osuđen na smrtnu kaznu i poslan u zatvor „Foks river“.
Linkolnov brat, Majkl Skofild,koji je uveren u njegovu nevinost, rešio je da ga izbavi odatle. Skofild je radio na rekonstrukciji zatvora i sada nabavlja planove građevine. Zbog komplikovanih planova on ih tetovira na gornjem delu svoga tela, sakrivenim sa masom motiva. Zatim organizuje pljačku banke da bi i sam dospeo u taj zatvor. Nakon što dospe u zatvor, Skofild zapčinje svoj plan ka izbavljenju brata iz zatvora, ali otkriva da je to teže nego što je mislio.
U zatvoru Skofild izaziva probleme sa bivšim šefom mafije koji se zove Džon Abruci.Skofild otkriva Abruciju svoje planove za bekstvo, da bi mu on obezbedio vozilo nakon što pobegnu iz zatvora,a za uzvrat Skofild mu obećava da će mu otkriti gde se krije Oto Fibonači koji je policiji prijavio Abrucija. Da bi sproveo svoj plan u delo Skofild polako uključuje zatvorenike koji su mu potrebni, među kojima su pedofil Ti-Beg, Stotka (koji ima dobre veze unutar zatvora) i Skofildov cimer Fernando Sukre. Najstariji zatvorenik Čarls Vestmorland, za koga Majkl veruje da je u stvari ozloglašeni D. B. Kuper, čuveni otmičar aviona, pridružuje se Skofildovoj grupi za bekstvo nakon što mu uprava zatvora odbija posetu njegovoj bolesnoj kćerci. Vestmorland inače krije 5 miliona američkih dolara od pljačke u Juti. Svi oni sa Majklom i njegovim bratom, uz Abrucijevu pomoć, dobijaju posao u „Zatvorskoj industriji“.
Put za bekstvo prolazi kroz bolničku sobu, koji vodi kroz sobu gde borave čuvari. Da bi dospeli do te prostorije, Vestmorland pali vatru, nakon čega Zatvorska industrija dobija posao da renovira tu sobu. Iz te sobe zatvorenici kopaju rupu koja omogučava prolaz preko podzemnog kanala u sobu hitne pomoći. Dan pre Linkolnovog pogubljenja,tim planira bekstvo, ali Linkoln se potuče sa jednim čuvarem da bi ga sprečio da otkrije plan za bekstvo. Za kaznu šalju ga u samicu, što Majklov plan čini nemogućim.Stvari se dodatno iskomplikuju kada ovdodna cev u bolničkoj sobi bude zamenjena. U isto vreme bivša devojka i Linkolnov advokat, Veronika Donovan uz pomoć Nika Sarvina, pokušava da dokaže da Linkoln nije kriv, što je dovodi do otkrića da iza svega stoji potpredsednica vlade koja se kandiduje za predsenika SAD. Agent tajne službe Pol Kelerman i guverner Ilinoisa Frank Tankredi, koji je otac Sare Tankredi koja radi kao doktorka u zatvoru „Foks river“, pripadaju potpredsednicinom timu. Oni pokušavaju Veroniku Donovan i Nika Savrina da spreče da saznaju istinu. Veronika otkriva da potpredcedicin brat Terens Stedman nije ubijen i da je živ. Nakon što uspe odložiti Linkolnovu egzekuciju,Skofild odglumi nervni napad, kako bi dospeo na psihijatrijsko odeljenje zatvora. Veronika otkriva Terensovo prebivalište, ali biva zarobljena, potom i ubijena u kući gde se on nalazi.
Druga sezona se takođe sastoji od 22 epizode. Radnja se odigrava 8 sati nakon bekstva iz zatvora „Foks river“ fokusirajući se na Majkla, Linkolna i ostale. Specijalni agent FBI Aleksandar Mahoun dobija zadatak da pronađe i ulovi svih 8 begunaca.
Nakon propuštenog leta, begunci svaki sa svojem ciljem, ali sa istom odlukom, planiraju odlazak u Jutu da uzmu 5 miliona dolara, koje je Čarls Vestmorland sakrio. Čarls Vestmorland umire, a Džon Abruci odseca ruku Ti-Begu sekirom jer se on vezao lisicama za Majkla. Belik i Poup osećaju kako će uskoro snositi posledice zbog loših poteza u toku hvatanja begunaca.
Majkl, Sukre, T-Bag i Stotka uspevaju se dočepati novca, ali Sukre se ne želi pridržavati dogovora i sam uzima torbu sa 5 miliona i kasnije se nalazi sa Majklom, ali u torbi nije bilo 5 miliona nego knjige koje im je podmetnuo Ti-Bag. Ti-Beg beži sa 5 miliona dolara.Nakon suspenzije,Belik regrutira novog partnera Roja Gerija u hvatanju begunaca. Ti-Beg je na putu kuće njegove bivše supruge gde se nalaze i Belik i Geri.Majkl se konačno sureće sa Sarom, ali njih dvoje neće dugo uživati jer im je Mahoun na tragu, a on će se, zajedno s Kelermanom, potruditi i da ostanu razdvojeni. Belik uspeva naterati T-Baga da mu otkrije tajnu, i to na brutalan način.Ostavlja ga vezanog i poziva policiju. Ti-Bag da bi pobegao otkida ruku. Nalazi Gerija uzima mu 5 miliona i ubija ga. Posle ubistva Gerija, Ti-Beg kupi novac. Belik je uhvaćen i izručen u zatvor „Foks river“ zbog sumnje da je ubio Gerija i to ga nimalo ne veseli. Mahoun koji ima psihičke probleme, dobija nalog od Bil Kima, jednog iz „Kompanije“. Nalog je da ubije svih osam begunaca.
Majkl uspeva da nabavi avion za Meksiko. Tada neočekivano sreće svog oca, koji je zajedno sa Linkolnom.Iako im je Mahoun opasno blizu, Majkl, Link, njihov otac i Sukre ipak planiraju ukrasti avion. Majkl i otac se konačno pomire, ali će Aldo to platiti svojim životom, zbog čega se Majkl i Link odluče direktno suočiti s progoniteljima. Jedan borbeni avion obora avion u kome je Sukre, on iskaće i stiže preko stranputnice kod devojke Marikruz. Kelerman bez imalo oklevanja muči Saru kako bi saznao što ga zanima. Šef Kelermana i Mahouna, Bil Kim prisiljuje ih da zajedno sarađuju.Stotka nalazi svoju ženu. Malo kasnije žena Stotke je uhvaćena,a Terens Stedman postaje zarobljenik Majkla i Linka. Stedman izvršava samoubistvo.Majkl i Lik na programu nacionalne televizije javno iznose svoju priču, a Majkl Sari šalje šifrovanu poruku.
Mahoun izbavlja Belika iz zatvora kako bi zajedno sarađivali. Sara nema poverenja u Kelermana i zabrinuta je što su Majkl i Linkoln zajedno sa njim. Kreću u Čikago, gde ih čeka jedan USB ključ na kome je razgovor između Terensa Stedmana i njegove sestre, koji će dokazati nevinost Linkolna. Majkl i Sara za pomoć se obraćaju Poupu, kako bi im otkrio informacije koje bi mogle naštetiti Kompaniji. Stotka nudi Mahounu pogodbu: za puštanje njegove supruge na slobodu i lečenje njegove ćerke, reći će mu mesto gde se Skofild krije. Mahoun tera Stotku da se ubije, ali čuvari zatvora to sprečavaju.
Majkl, Linkoln i Sara dolaze u vlasništvo USB-a. Oni se odvajaju od Pola Kelermana. Mahoun dobija nalog, da Skofilda i Linkolna ubije u roku od dva dana. Kod prijema bivše potpredsednice SAD Karolin Rejnolds, Majkl je uhvaćen od strane Bila Kima, mučen je i saslušan. Predsednica Rejnolds prihvata zahteve kako bi Linkoln bio oslobođen.
Kerolin Rejnolds neočekivano daje ostavku na funkciji predsednice SAD i Majkl i Linkoln stoje sa praznim rukama. Njihov jedini izlaz vide u Panami.
Treća sezona se sastoji od 13 epizoda. Sara ubija Bila Kima i Majkl priznaje krivicu i predaje se. Skofild je zajedno sa Mahounom, Belikom i Ti-Begom pritvoren u Soni, paklenom panamskom zatvoru. Zatvor je, posle ustanka zatvorenika, napušten od strane stražara i zatvorenici sada imaju svoje pravila i zakone (pod vodstvom kralja droge Lehera).
Borbu za život sa jednom zatvorenikom Skofild može da dobije uz pomoć Mahouna. Cilj je, da Skofild pobegne iz Sone i da jednog drugog zatvorenika, Džejmsa Vistera, oslobodi.On govori Majklu,ukoliko ga neko vidi, da je mrtav. Visler je osuđen zbog ubistva sina gradonačelnika Paname. Živi u kanalizaciji zatvora. Mahoun i Skofild su saznali da,ko pronađe Vislera, njemu se garantuje sloboda.
Mahoun daje sve od sebe, da nađe Vislera. Ti-Beg je zaradio poverenje Lehera. Mahoun nalazi sklonište Vislera i želi da ga isporuči Leheru. Skofild mora to da spreči, da bi zaštitio Saru i njegovog sinovca. On jednim malim razaranjem vraća vodu za piće. Lehero se odriče isporuke Vislera. Link preko Vislerove devojke dolazi do sadržine jednog sefa banke. Knjigu, koja je bila u sefu, Link mora da da Kompaniji, ali posrednik (Suzan) dobija samo kopiju. Link u zamenu za original, želi dokaz da su Sara i El Džej živi. On dobija njihove slike, na kojima oni drže novine. Majkl pokušava da dođe u vastništvo jedinog mobilnog telefona u Soni i uspeva uz pomoć Ti-Bega. Majkl saznaje od Sare, da se ona nalazi na jednom „beznadežanom mestu“, da im daje vreme do „12 sati“ a da je kod nje „3 sata“. Naposletku, Linkoln saznaje mesto Sare i El Džeja, ali kidnaperi beže. Suzan upozorava njega, da ne pokušava ovo još jednom. Posle toga, ona mu ostavlja jedan paketić u garaži hotela, u kome se navodno nalazi glava Sare Tankredi. Majkl uspeva da dobije jednu sobu od Lehera, koju je sam izabrao. Na to on prouzrokuje nestanak struje. Lehero je sad zavisan od pomoći Majkla.
Majkl pokušava takođe uz pomoć Linka da dobije jednog zaposlenika zatvora za bekstvo iz Sone, koji ima zadatak za pogrebe. On bi se brinuo za zatvorske zidine, koje bi razorio jednom hemikalijom.
Ti-Beg ubija jednog od Leherovih prijatelja, da bi zauzeo njegovo mesto kao prodavac droge. Zatim, njegov plan se ispunjava i pokušava da dobije Mahouna za kupca. Majkl nudi Mahounu, da ga ubaci u tim za bekstvo, sa nadom da ga smiri. Ali Mahoun, kome prete halucinacije, tačno procenuje situaciju i nožem preti Majklu.
Van zatvorskih zidina, Linkoln uz pomoć Suzan, sređuje Sukreu posao grobara u Soni. Majkl jos uvek nema ideju kako ce proci pored surovih zatvorskih strazara pa poziva Linkolna i Sofiju da mu pomognu. Sukre pokusava sakriti detalje bega od Suzan, ali se predomisli kada mu se zapreti ubistvom trudne Marikruz. Verujuci kako ce im kratki nestanak struje pomoci u pretrcavanju strogo cuvanog dela od tunela do ograde, Lehero, Ti-Bag i Belik su odlucili krenuti prvi. Zatvorski cuvari su ih na vreme otkrili i pri pucnjavi su smrtno ranili Lehera, dok su Ti-Bega i Belika odmah vratili natrag u zatvor. Za to su vreme ostali begunci u tunelu sa strepnjom očekuju Michaelov plan B.
Nakon kratke potere po panamskim ulicama, Linkoln i Majkl sustizu Vislera i sa Suzan dogovaraju poslednji sastanak na kojem bi izvrsili razmenu Vislera za El Dzeja i Sofiju, i to na prvom spratu gradskog muzeja, gde svi posetioci moraju proci kroz detektor metala. U međuvremenu, zatvorski strazari teraju Sukrea na kopanje vlastitog groba u kojem ce biti ziv zakopan zbog pomaganja zatvorenicima u begu. Ti-Beg pred prostalim zatvorenicima ponosno najavljuje pad Leherove vladavine nakon što ga je ugusio jastukom.
Cetvrta sezona
Majkl pronazli Suzan i Vislera u Los Anđelesu sa namerom da osveti Sarinu smrt. Oni govore Majklu da je Sara pobegla i da je ziva. Majkl je ubrzo pronalzi preko Brusa Beneta. U Panami, Sukre, Belik i Ti-Beg su pobegli iz Sone nakon pobune. Ti-Beg nalazi prevoz do Amerike, ali mu vozac otima pare i ostavlja u meksickoj pustinji. Likoln je uhapsen posto je ubio agenta Kompanije. Uhvaceni su i Sukre, Belik i Mahoun. Mahoun saznaje da su mu ubili sina i da je za to odgovoran Vajt. Svi uhapseni su kod Don Selfa, agenta Drzavne sigrnosti sa namerom da zajedno sruse Kompaniju. Majl i ekipa moraju da pronađu Scilu, bazu podataka Kompanije. Njima pomaze Roland, kompjuterski strucnjak. Ti-Beg nalazi lokaciju Vislerove knjige o pticama, gde saznaje nesto o njegovom dvostrukom zivotu. Vajt drzi Suzan u vlastitom pritvoru. Roland prima informacije o Scili i tada saznaju da Scilu cini sest kartica i da moraju da nađu preostale.
